Uzayın derinliklerinde kaybolmuş bir uygarlığın son üyeleri, 1982 yılında Dünya’ya sığınmak zorunda kalır. Evrenin karanlık boşluğunda süren uzun ve yorucu bir yolculuktan sonra, nihayet Güney Afrika’nın ıssız topraklarına ayak basan bu uzaylılar, burada bir yuva bulmayı ümit ederler. Ancak, insanlık onların varlığını fark etmekte gecikmez. MNU adı verilen güçlü bir şirket, bu uzaylıların sahip olduğu ileri teknolojiyi ele geçirmek için kolları sıvar. Şirketin planı, uzaylıları District 9 adını verdikleri izole bir bölgeye kapatmak ve onların DNA’sını kullanarak bilimsel bir devrim yaratmaktır. Ancak bu hesaplar, MNU’nun sıradan bir çalışanı olan Wikus van der Merwe’nin beklenmedik bir şekilde bir virüse maruz kalmasıyla bozulur. Virüs, Merwe’yi yavaş yavaş bir uzaylıya dönüştürmeye başlar ve bu dönüşüm, onun hayatını alt üst eder. Artık ne insan ne de tamamen bir uzaylı olan Merwe, MNU’nun dikkatini çeker ve hedef haline gelir. Hayatta kalmak için tek çare olarak District 9’a sığınan Merwe, burada insanlık ve uzaylılar arasındaki ince çizgide bir savaşçıya dönüşür. Onun mücadelesi, hem kendi varlığını koruma hem de uzaylıların kaderini belirleme savaşıdır.