Metropolis’un hareketli ve heyecan dolu sokaklarında, Lois Lane ve Jimmy Olson, şehri sarıp sarmalayan bir gizemle yüzleşir. Adalet Birliği’nin ansızın ve esrarengiz bir şekilde kaybolmasının ardından, şehirde bir belirsizlik hüküm sürmektedir. Bu şüpheli durumu aydınlatmak için Adalet Salonu’na doğru yönelirler ancak araştırmaları bir hayaletin ansızın çıkışıyla kesilir ve peşlerine düşerler. Korku dolu anlarda, çaresizlik içinde, Lois ve Jimmy, yardım için en güvenilir ekibe, yani Mystery Incorporated’a başvurur. Ekip, hızla Metropolis’e doğru yola çıkar. Ancak yolda, şehrin Justice League’in yokluğunda süper kötüler tarafından ele geçirildiğini öğrenirler. Bu karanlık gelişme karşısında Lois ve Jimmy’nin tek sığınakları Daily Planet olur. Nihayet güvenli limanlarına ulaşan ikili, durumu açıklamak için Mystery Incorporated ile buluşur. Birlikte, Adalet Salonu’nda detaylı bir araştırmaya koyulurlar. Ancak beklenmedik bir sürprizle karşılaşırlar: Lex Luthor, Mercy Graves ve hatta Luthor’un sadık köpeği Rex. Şimdi, bu karmaşık olayları çözmek için, Mystery Incorporated ve Lois ile Jimmy, Krypto adında güçlü bir süper köpek ile güçlerini birleştirmek zorundadırlar. Adalet Birliği’nin kayboluşunun perdesini aralamak için zorlu bir mücadeleye atılırlar.