Kobo’nun ihanetine maruz kalan Sezar, kendi ırkından büyük kayıplar yaşadığı ilk filmde, insanlığın affetmeye niyetli olmadığını anlar ve savaşa hazırlık yapmaya başlar. “Maymunlar Cehennemi: Savaş,” serisinin üç yıl sonrasında, Sezar’ın liderliğindeki maymunlar, önceki olayların izlerini taşıyan zorlu bir savaşla yüzleşir. Sezar, savaştan kaçınmaya çalışsa da, insanlık adına savaşan acımasız Albay, maymunları yok etmek için her yolu dener. Ancak Sezar, Albay’ın zulmüne boyun eğmeye niyetli değildir. İki taraf arasındaki çatışma giderek artarken, Sezar’ın liderlik ettiği maymunlar, hayatta kalma mücadelesi verirken aynı zamanda özgürlükleri için savaşırlar. Albay’ın zalim taktikleri ile Sezar’ın direnişi arasındaki çatışma, her iki ırkın kaderini belirleyecek büyük bir yüzleşmeye evrilir. Bu çekişmenin sonunda, maymunlar ve insanlar arasındaki geleceği belirleyecek olan taraf hangisi olacaktır?