17 yaşındaki Codename 13, bir suikastçı olarak hayatında önemli bir değişiklik yapmak üzere. Zamanla, ölümcül sanatında kendini geliştirip Gölge adlı gizli suikast kolektifinin en değerli üyesi haline gelmiştir. Fakat, Japonya’da gerçekleştirdiği bir görevde yaptığı kritik hata, onu akıl hocası Umbra’nın korumasından mahrum bırakır ve sonuç olarak Endonezya’nın Cakarta şehrine sürgün edilmesine neden olur. Cakarta’da saklanmaya çalışırken, 11 yaşındaki Monji ile tanışır. Monji, annesinin acımasız bir suç çetesi tarafından kaçırılmasıyla baş başa kalan bir çocuktur ve bu durum, 13’ün içindeki bastırılmış vicdanı uyandırır. Monji ile geliştirdikleri bağ, 13’ün hayata bakış açısını değiştirmeye başlar; fakat Monji bir gün aniden kaybolduğunda, 13, onu kurtarmak için harekete geçmeye karar verir. Bu, yalnızca suç örgütlerine karşı bir savaş açmak değil, aynı zamanda Gölge’ye ve Umbra’ya karşı bir meydan okuma anlamına gelir. 13, Cakarta’nın karanlık ve tehlikeli sokaklarında, Monji’yi kurtarmak için her türlü riski alarak düşmanlarıyla yüzleşmek zorundadır. Kendi karanlık geçmişiyle yüzleşirken, Monji’yi kurtarmak için gereken her şeyi göze alacak ve hayatta kalma mücadelesini kazanmak adına cesur adımlar atacaktır. Monji’nin hayatını kurtarmak uğruna kendi kimliğini yeniden bulmaya çalışırken, düşmanlarının kendisini nasıl etkilediğini de anlamaya çalışacaktır.